对染色质研究产品有疑问吗?植物ChIP试剂盒来解答!

发布者:欧冠买球app发布时间:2020-11-13

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       一年一度双十一再次来临,想必很多小伙伴已经早早在购物车收藏了很多心仪的宝贝,想想之前明明是光棍节,现在却演变成了购物节。大家在购物的时候,是不是货比三家,从产品的性能,外观,质量,价格等方面进行综合考虑,最后再敲定下来买什么(当然,有钱人是不用考虑价格的)。

 

      而最近有很多人问询了染色质研究相关的问题,实验室老手们目标清晰的,基本就是确认一下产品是否能够满足他们的需求,确认满足后就可以加载到购物车然后下单购买;但是新手们拿到课题后就眼前一抹黑,大脑一团糊,我该做什么?我要买什么呢?可能会从很多文献找别人用过觉得好的,自己琢磨可能行的,师兄师姐推荐的等等,最后导致选择困难症。小编今天就给大家推荐一下染色质研究方面的产品。

 

      万变不离其宗,要做一个实验或者开始自己的课题之前,首先需要了解相关的基础知识。

 

      首先我们来说说染色质的概念以及研究方向。

 

      染色质:是指间期细胞核内由DNA、组蛋白、非组蛋白及少量RNA 组成的线性复合结构,是间期细胞遗传物质存在的形式,基本单位是核小体。

 

      核小体:由约 146 bp DNA 缠绕组蛋白八聚体组成。组 蛋 白 H2A/H2B/H3/H4 属于核心组蛋白,能够被各种修饰酶共价修饰。

 

核小体

图源:百度

 

      重要性:染色体以染色质基本结构单位核小体为基本单位,通过核小体的结构及其与DNA相对序列位置发生改变,达到生命过程中的基因组包装和基因组可利用性间的平衡。

 

      通常,染色质的凝聚程度越高,转录因子和其他DNA结合蛋白就越难以访问DNA并完成其任务。相反,DNA越容易接近,周围基因被主动转录的可能性就越大。核小体的存在(或不存在)直接或间接影响各种细胞和代谢过程,例如重组,复制,着丝粒形成和DNA修复等。

 

      由此可见,染色质的研究是非常重要的。那么如何开始呢?每个老师可能都有自己的想法,有确定的研究方向,今天我给大家说说比较普通的2条研究途径,如下图所示:

染色质研究

      您是不是想问,我该怎么选择产品呢?接下来我们以问答的形式为大家讲解:

 

       一:染色质可及性研究线路

 

        1.我要进行染色质可及性分析,我的植物嫩叶组织该怎么处理呢?

 

       RE:为了阐明染色质和转录因子之间相互作用的关系,至关重要的是通过绘制沿基因组的核小体定位图来确定染色质的可及性。

 

       针对此,我们有相关的产品推荐: P-1047 EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kit ,而适用于这个产品需要输入的样本是:细胞提取物,染色质,单个样品。

 

       样本是植物嫩叶,我们有专门针对植物的染色质提取试剂盒:P-2022,ChromaFlash™ Plant Chromatin Extraction Kit,可简单、快速的从植物中分离出染色质或DNA-蛋白质复合物,用于下游分析实验。

 

        2.那你们的这个植物染色质提取试剂盒原理是什么?有什么优势呢?

 

      RE: 原理:使用提供的裂解缓冲液可分解带有或不带有交联的样品细胞膜,然后用提取缓冲液提取染色质或DNA-蛋白质复合物。

 

      优势:

     【1】极其快速的过程:从植物样品到即用染色质的整个过程不到2小时。

     【2】方便灵活:该试剂盒适合从单层或悬浮细胞或组织中制备天然染色质和交联染色质。

     【3】无需染色的染色质:使其可定制用于需要完整或片段染色质的各种分析工作流程,包括ChIP,体外蛋白质-DNA相互作用分析,核酶测定等。

 

      同样我们还有其他染色质提取试剂盒:

 

货号 产品名称 应用 描述
P-2001-100次 ChromaFlash Chromatin
Extraction Kit
Chip实验(搭配P-2025和P-2026),体外蛋白质-DNA结合测定和核酶测定 从哺乳动物细胞或组织中分离出染色质或DNA-蛋白质复合物,简单、快速。
P-2023-100次 ChromaFlash Chromatin
Isolation & Shearing Kit
Chip 实验,体外蛋白质-DNA结合测定 从哺乳动物细胞或组织中分离和剪切染色质

 

       3.染色质可及性研究试剂盒原理是什么呢?

 

      RE: P-1047 EpiQuik Chromatin Accessibility Assay Kit

 

      原理: 在该测定中,从细胞/组织中分离出染色质,并用核酸酶混合物处理。然后分离DNA,并通过实时PCR扩增,以进行染色质可及性的区域特异性分析。

 

       二:染色质免疫免疫共沉淀研究路线

 

       1.首先,要进行免疫共沉淀实验肯定必不可少的就是染色质的提取啦,这些产品同上哦

 

      不过我们的一些ChIP试剂盒可以集染色质提取和ChIP两个实验于一体,无需额外购买染色质提取试剂盒,比如我们卖的超火的产品:植物ChIP 试剂盒P-2014和哺乳动物细胞ChIP试剂盒p-2002。下面是我们的客户针对植物ChIP试剂盒P-2014的一些咨询,希望这些能帮到您。

 

       2.染色质免疫共沉淀相关产品

 

       2.1 “我的样本是水稻原生质体,可以用P-2014 植物ChIP试剂盒吗?这个试剂盒的阳性对照可适用吗?”

 

      RE:是的,原则上对于水稻样品,At4g03770或At4g03800的引物可用于PCR阳性对照。

 

     PS:该试剂盒针对植物开发,产品名称说的是植物,所以大部分植物都是适用的。(但是不能保证任何植物)

      已经发布文章验证的物种有:拟南芥,番茄,羊草,烟草,苹果,豆类,玉米等。

 

       2.2 “我的样本是通过短暂转化成这些分离的水稻原生质体的外源蛋白质,然后用这些成功表达目标蛋白质的水稻原生质体进行ChIP。 那么,使用该试剂盒需要多少分离的水稻原生质体?”

 

      RE:通常,每个反应中5 * 10 ^ 5至2 * 10 ^ 6细胞(例如分离的水稻原生质体)应该是足够的输入材料。

 

       2.3CP3C,D,E,F的所有组件都是裂解缓冲液,它们之间有什么区别? 对于分离的水稻原生质体,是否都需要使用? 如果不添加CP3C,然后在组织裂解和DNA剪切部分的步骤2之后直接添加CP3D,可以吗?”

 

      RE:CP3C会破坏细胞壁。 CP3F会破坏核膜。 CP3D和CP3E包含不同的蔗糖浓度,并用于通过蔗糖梯度浓缩细胞核。
      如前所述,对于已经从细胞壁剥离的分离的水稻原生质体起始材料,可以跳过P-2014协议的``组织裂解和DNA剪切''部分下的步骤3-4(这些步骤是用于细胞壁破碎的 )。 因此,这些样品不需要CP3C。

 

      2.4 “您能否在组织裂解和DNA剪切部分帮助解释步骤7的原理?”
      RE:将第6步中重悬的沉淀物在第7步中的300 µl CP3E缓冲垫上分层,包括蔗糖梯度离心,可以分离出更多的染色质。

 

       2.5 “在组织裂解和DNA剪切部分的步骤8中,仅在此步骤中添加了蛋白酶抑制剂混合物(PIC),为什么在前面的步骤中不使用该PIC? 是否需要在上述步骤中添加它以防止蛋白质降解?”

 

      RE:PIC仅在第8步添加,因为实际上是从核中提取了染色质。 在此步骤中添加PIC最重要,以便直接在免疫沉淀步骤之前保留蛋白质与DNA的相互作用。

 

       2.6 “我还想用水稻叶子进行实验(疏水的),在进行交联步骤时,这可能导致甲醛无法渗透。在这种情况下,可以添加一些表面活性剂吗?

 

      RE:关于其疏水性水稻叶样品在P-2014分析的交联步骤中甲醛渗透效率的询问,在调整交联时间长度的情况下,任何样品中的甲醛渗透都很好。 但是,如果客户认为有用,则可以添加表面活性剂渗透步骤。

 

       2.7 “我想用其他染色质提取的试剂盒提取染色质,然后再用这个试剂盒进行ChIP可以吗?具体的操作是什么呢?

 

      RE:是可以的,已通过其他方法提取并交联的未片段化染色质可用于此ChIP试剂盒,从方案的步骤8(第6页)开始,方法是将染色质沉淀物重新悬浮在CP3F缓冲液中并剪切DNA。

 

      以上是我们的植物ChIP剂盒的一些客户问询与解答,我们还有其他的chip试剂盒供大家选择哦:

 

      【1】 普通染色质ChIP

 

货号 产品名称 输入
材料
下游应用 产品描述
P-2027 ChromaFlash High Sensitivity ChIP Kit 细胞,组织 ChIP-PCR,ChIP-on-chip,ChIP-seq 来自少量细胞或组织的选择性免疫沉淀和染色质组分的富集
P-2002 EpiQuik ChIP Kit 哺乳动物细胞 qPCR, ChIP-Seq, and ChIP-on-chip 专为细胞输入而设计,选择性免疫沉淀和细胞染色质富集
P-2003 EpiQuik Tissue ChIP Kit 哺乳动物组织 qPCR, ChIP-Seq, and ChIP-on-chip. 专为组织输入而设计,选择性免疫沉淀和组织中染色质组分的富集
P-2026 ChromaFlash One-Step Magnetic
ChIP Kit
各种物种,哺乳动物最合适,分离的染色质 基于磁珠的ChIP可实现自动化 一步法使用磁珠对沉淀的染色质进行免疫沉淀和剪切
P-2028 EpiNext™CUT&
RUN Fast Kit
各种哺乳动物细胞 单重或者多重文库建立 最小的非特异性背景水平下捕获目标蛋白质/ DNA复合物,较少的偏倚和高分辨率定位目标蛋白质-DNA相互作用区域。

 

      【2】体外蛋白质-DNA互作

 

 

货号 产品名称 描述
P-2004-96 EpiQuik General Protein-DNA Binding Assay Kit (比色法) 适用于体外分析蛋白质-DNA相互作用,特别适用于使用哺乳动物组织和细胞提取物检测转录因子激活
P-2005-96 EpiQuik General Protein-DNA Binding Assay Kit (荧光法) 适用于体外分析蛋白质-DNA相互作用,特别适用于使用哺乳动物组织和细胞提取物检测转录因子激活

 

      【3】组蛋白甲基化/乙酰化/甲基-DNA结合蛋白ChIP

 

 

货号 产品名称
P-2006 EpiQuik Methyl-Histone H3K9 ChIP Kit
P-2016 EpiQuik Tissue Methyl-Histone H3K27 ChIP Kit
P-2010 EpiQuik Acetyl-Histone H3 ChIP Kit
P-2011 EpiQuik Acetyl-Histone H4 ChIP Kit
P-2017 EpiQuik Methyl-CpG Binding Domain Protein 2 ChIP Kit

 

      3.做完ChIP之后,有的客户可能需要做PCR分析和NGS文库制备等实验,我们也有针对这类实验的相关产品

 

货号 产品 应用 描述
P-1063 EpiNext DNA Purification
HT System
文库构建 利用磁珠技术进行高通量DNA或PCR扩增子的纯化以及DNA大小的选择,还可用于浓缩DNA
P-1053 EpiNext High-Sensitivity DNA Library
Preparation Kit (Illumina)
文库构建 适合使用亚纳米级的DNA输入量制备DNA文库,用于使用Illumina测序仪的下一代测序应用,基因组DNA序列,ChIP序列,MeDIP / hMeDIP序列等
P-1051 EpiNext DNA Library
Preparation Kit (Illumina)
文库构建 适合使用Illumina测序仪制备用于下一代测序应用的DNA文库,其中包括基因组DNA序列,ChIP序列,MeDIP / hMeDIP-seq,亚硫酸氢盐序列和靶向重测序等。

 

      我们的产品种类很丰富,基本可以满足您的大部分需求,不知道有没有您需要的呢?预知跟多详情,请咨询小艾哟~~

 

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      欧冠买球app与国内外优秀的生物试剂供应商优保持着密切的合作关系,目前已成为众多国际知名品牌的中国总代理或一级代理,主要包括:AmyJet、AAT Bioquest、Abnova、Agrisera、Biovision、Biosensis、Cayman Chemical、Caisson Labs、Cytoskeleton、CytoNiChe、Epigentek、Equitech-Bio、Hycult Biotech、Jackson、LifeSensors、LigaTrap、ProSpec、Norgen Biotek、Mabtech、Matreya、iRegene、StressMarq、ImmunoReagents、SouthernBiotech、Origene、US Biological、Solis BioDyne等,可以在短时间内为用户提供专业的前沿资讯、完备的产品及物流服务。

 

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